Aquí, algunos motivos por los que crear sitios en Flash no es bueno para el SEO, aun cuando ahora Google lo indexa:
Diferente contenido no son diferentes URLs: al igual que pasa con algunas aplicaciones basadas en Ajax, diferentes contenidos pueden estar dentro de un mismo Flash.
Problemas con el texto: debido a la realización de efectos o de la disposición de este, en muchas ocasiones el texto se divide en líneas, objectos o en letras (por ejemplo para animaciones).
Animaciones incrustadas: es típico que unas animaciones estén dentro de otras, lo cual, al no haber URLs que referencien, indica que va a tener poco PageRank o similar. No se sabe cómo Google indexa: al ser un método propietario, no se sabe qué y cómo indexa Google los contenidos Flash, por lo que se va un poco a ciegas en este sentido.
Faltan las bases para el SEO: en Flash no hay enlaces, negritas, o cabeceras. No se indexa todo: Google dice que ni ejecuta Javascript ni indexa contenidos externos llamados desde Flash, algo que es muy común.